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RRBS简介

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  • 发布时间:2021-07-30 14:35
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【概要描述】DNA甲基化修饰参与多种生物过程的调控,涉及多种人类疾病,已成为重要的表观修饰之一。目前,DNA甲基化研究方法很多,研究人员可以根据实验目的选择好的的研究方案。

RRBS简介

【概要描述】DNA甲基化修饰参与多种生物过程的调控,涉及多种人类疾病,已成为重要的表观修饰之一。目前,DNA甲基化研究方法很多,研究人员可以根据实验目的选择好的的研究方案。

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  DNA甲基化修饰参与多种生物过程的调控,涉及多种人类疾病,已成为重要的表观修饰之一。

  目前,DNA甲基化研究方法很多,研究人员可以根据实验目的选择好的的研究方案。 许多研究人员希望能够准确测定样品中的甲基化胞嘧啶位点,并定量比较不同样品在特定位点的甲基化水平。

  WGBS(Whole Genome Methylation Sequencing)可以实现全基因组水平的单核苷酸分辨率DNA甲基化分析。 然而,由于全基因组测序和生物信息分析耗时长、成本高,许多研究人员逐渐开始选择RRBS进行基因组DNA甲基化研究。

  什么是RRBS(简并代表性亚硫酸盐测序)

  RRBS 是一种 DNA 甲基化研究方法,可在基因组水平上实现单核苷酸分辨率。 与 WGBS 的不同之处在于 RRBS 使用限制酶定位和选择富含 DNA 甲基化的基因组亚基进行研究。 与选择全基因组研究甲基化的WGBS相比,RRBS可以帮助研究人员节省大量的测序工作。 成本。

  RRBS 历史

  RRBS 由怀特黑德研究所的 Alex Meissner 和 Rudolf Jaenisch 实验室于 2005 年发表在 Nucleic Acid Research 上。 他们初步的目标是发现一种分析方法,可以在全基因组水平上大范围、高分辨率地研究 DNA 甲基化序列。

  为了证实这项技术的准确性,Jaenisch 团队使用正常小鼠胚胎干细胞和三组缺乏 DNA 甲基转移酶 Dnmt3a 和 3b 以及 Dnmt1 的胚胎干细胞来比较样本之间甲基化水平的差异。 实验中以BgIII作为DNA甲基化限制性内切酶消化基因组DNA,然后分离得到长度为500-600bp,用于文库构建和测序。 文章中研究人员使用的Sanger测序技术早于NGS。

  目前,RRBS 方法和协议也得到了优化和改进。 首先,MspI 替代 BgIII 作为限制性内切酶来富集 CpG,可以覆盖更多的 CpG 位点。 也有报道称,使用其他限制性内切酶也可以获得更好的富集效果。 随着DNA测序技术的不断发展,NGS逐渐取代了Sanger。 2011年,Alex Meissner团队发表了基于NGS技术的RRBS研究方法。 2015年将RRBS方法应用于单细胞甲基化分析,解决了异质细胞群的表观基因组研究问题。

  RRBS方法已在同行业数百种期刊发表,并多次被高影响因子期刊引用,研究DNA甲基化对红细胞生成、亨廷顿病和B细胞活化的影响。


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